朱熹重新选定文本，将《论语》、《孟子》和《礼记》中的两篇文章《大学》、《中庸》合并为《四书》。他以极大的理论勇气，深入细致研究《大学》。他将《大学》区分为经和传，在注释时广泛吸收了汉唐和当代学者的研究成果。他在文本研究时发现《大学》仅有载“格物致知”字样，但没有解释。他认为流传原本丢了“释格物致知义”，补进“即物穷理”等134字，使《大学》逻辑通顺，文气贯通，意义更加完整,也使“格物致知”成为新儒家重要思想和实践指南。他还明确把《大学》作为《四书》首篇。他认为《大学》确定的“三纲领、八条目”，明确提出儒学的宗旨和纲领。“三纲领”即：“明明德、亲民、止于至善”。“八条目”是指修身与学习的过程，即：“格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下”。

《四书》的产生，使中华文化有了新经典。有力的突出孔子和孔子思想，维护和巩固了孔子思想的至尊地位。

朱熹是百科全书式的思想家。他对中国文化的哲学、经济学、政治学、经学、伦理学、历史学、文学、教育学等各个领域，都固了孔子在中华文化的主导地位。《四书》的产生，也使中国文化发展由“五经时作了全面系统的梳理总结和创新。朱熹有很高的艺术修养，与朱子结交的朋友也是文学艺术修养很高的人，如陆游、辛弃疾等人。朱熹的诗文受到后人喜爱和追捧。朱熹认为，文皆从道流出。文从心里流出，强调文道合一，文道同源。他提倡文艺创作宜深入百姓日常生活之中，形象称之为“通身下水”他一生创作各类散文游记等2777篇，创作诗词1167首。

朱熹不仅实现了理论的时代化，还致力于理论的大众化普及化。他注重理论普及化读本的编写，重视民俗改造和社会礼仪的重建。著名的《朱子家训》字字珠玑，提出为人处事一系列规则。如：“见老者，敬之；见幼者，爱之。有德者，年虽下于我，我必尊之；不肖者，年虽高于我，我必远之”。“勿以善小而不为，勿以恶小而为之”。手书了“读书起家之本；循理保家之本；和顺齐家之本；勤俭治家之本”。

早已名满天下的朱熹，为宁宗进讲《大学》。耿直清廉的他对朝政多有批评，使平庸的宁宗不满。宁宗以干预朝政的罪名，把他逐出朝廷。朝廷一些守旧平庸的官员容不得朱熹的清廉正直，容不得朱熹的创新理论。他们编造种种谎言，恶毒攻击朱熹。朱熹的学说被污为“伪学”。他和他的学生弟子受到残酷迫害。这在历史上称“庆元党禁”。1200年，朱熹在建阳考亭忧愤而死，享年七十一岁。作为一代宗师，朱熹临死还在修改《大学诚意章》。

创新理论、真理的光辉总是抵挡不住的。作为民间学者的朱熹，他的思想逐渐被社会接受。1209年，这场历时十年学术迫害的“党禁”终于平反。宋朝廷赐诣朱熹曰“文”尊为朱文公。理宗肯定朱熹思想 “有补于治道”，“历万世而无弊”。1212年，朱熹《四书集注》被朝廷列为国学。他制定的《白鹿洞书院揭示》被颁发太学遵行。明朝以《四书》为科举取士之书。1455年、1523年，先后赐建安（今福建建瓯）、婺源的朱熹后裔为世袭的翰林院五经博士，同时推行祭朱制度，同祭孔一样，每年春秋两季。1712年，康熙下诏朱熹配祀孔庙“十哲”之列，朱熹牌位进入大成殿。康熙称朱熹为“集大成而续千百年绝传之学，开愚蒙而立亿万世一定之规”。亲书“学达性天”匾额赐予武夷山紫阳书院。

孔庙是纪念伟大思想家、教育家孔子的主要建筑。历代称文庙、夫子庙、至圣庙、先师庙、先圣庙、文宣王庙，尤以文庙之名更为普遍。孔庙是中华民族文化圣殿，承担着文化传承与教化、促进中华民族融合与统一的功能。进入孔庙的，都是为中华民族文化繁荣发展作出突出贡献的学者。自春秋以来，从祀孔庙者152人。其中孔子弟子77人；生于宋朝之前者31人，之后者44人。在宋朝之后44人中，福建13人。他们是：游酢、杨时、罗从彦、李侗、朱熹、黄干、蔡沈、陈淳、真德秀、蔡清、黄道周、李纲、胡安国,如果加上朱熹父亲朱松、蔡沈父亲蔡元定，则有15位福建学者进入孔庙。同时朱熹是春秋以来，唯一列入十哲，进入大成殿的圣人，显示了朱熹在中国文化史的独特的崇高地位。