一、任职漳州

淳熙十六年（1189），朱子被任命为漳州知州。这年九月十五日，是朱子六十大寿，各地学者友人祝寿朱子的诗词多达百首。辛弃疾在《寿朱晦翁》诗中，称赞朱子“历数唐尧千载下，如公仅有两三人”。陆游甚至把朱子比作是“人中之龙”。

第二年正月，朱子已苍老憔悴，赴任前他对镜写真，题词自警：“从容乎礼法之场，沉潜乎仁义之府。”四月，朱子抵达漳州，在察访民情，查看簿籍的基础上发布了一系列政令：如发布《劝农文》，要求百姓务农重谷；作《漳州谒先圣文》《漳州晓谕词讼榜》，劝民息讼；发布《劝谕榜》，整齐风俗；发布《州县官牒》，强调要惩治官吏腐败。他还上书朝廷，请求减免茶、龙眼、荔枝等税，又极力推行重新丈量田亩、合理贫富负担的正经界。

朱子一贯重视教育，整顿和扩大州学、县学。朱子认为，要革除积弊，须从教育做起，从转变民风做起，所以他经常向诸生讲授义理之学。其间，朱子刻印了自己校定的《易》《书》《诗》《春秋》“四经”，以及《大学》《论语》《孟子》《中庸》“四书”。这些书籍的刻印，解决了历史上经传混淆不清的问题，使学者可直求儒道经书的本义，使得中华儒家文化由“五经”时代过渡到“四书”时代。

绍熙二年（1191）正月，朱子三十八岁的长子朱塾在金华病逝。只任一年漳州知州的朱子，悲痛欲绝，上书请改祠官。朱子卸任返乡，寓居建阳童游桥亭。之后，朱子在建阳考亭买下他人的阳宅，作了简单修整，在居室前筑方塘半亩，建天光云影亭。绍熙三年（1192）六月，朱子迁居考亭，后世子孙也因此尊其为考亭始祖。

二、御前侍讲

绍熙五年（1194），两湖瑶民起义，朱子以国家大事为己任，拖着病体上任，任潭州(今长沙)知州兼荆湖南路安抚使。朱子采取安抚办法平息瑶民起义的同时，清吏治、治狱讼、禁赌博。又重修岳麓书院，以《四书集注》教育诸生，岳麓书院名声大振，学子云集千余人。

同年七月，赵扩称帝，是为宁宗，改元庆元。赵汝愚为相，推荐朱子入朝奏事。按照惯例，新君即位时，像朱子这样官职之人，可荐一子入朝为官。朱子推荐弟子、爱婿黄榦补为将仕郎。

同年八月中秋，朱子接到焕章阁待制兼侍讲的任命。十月四日，朱子奉旨上殿奏事，连上五札：首言正心诚意，则大伦正，大本立矣；次言，为学莫先于穷理，穷理必在于读书，读书之法，莫贵于循序而致精，致精之本，则又在于居敬而持志；又三言，论荆湖南路善后之事，即财钱入少出多，边防不固，请修潭州城壁。

十月十四日，朱子首次受诏赴经筵讲义，进讲《大学》之旨，要宁宗持守格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下之道。数日后，又连讲六次，宁宗虚心嘉纳，褒奖朱子，授其为朝请郎，赐紫金鱼袋，不久，朱子又被加封为婺源县开国男，食邑三百户。其间，朱子还撰褒扬抗金名将岳飞伟绩的《上政府札子》，奏请褒录。

朱子在御前侍讲，引起了以韩侂胄为首的反理学权贵的妒恨，他们不时向宁宗进奏谗言，处心积虑丑化朱子。加之朱子在侍讲时，直指宁宗纵容亲近、大兴土木、不务实行等问题，得罪了宁宗。绍熙五年（1194），宁宗以“朱子迂阔”为由，将在朝仅四十六天的“帝王之师”朱子逐出御前经筵。

朱子被贬，举朝震动，许多正直之臣纷纷上疏劝谏。宁宗迫于众怒，改任朱子为宝文阁待制。两天后，又改任知江陵府兼荆湖北路安抚使。朱子感到无力正君心、清君侧，且年近古稀，连上两札请祠。

三、庆元党禁

绍熙五年（1194），朱子回到考亭，将读书、藏书的小楼命名为沧洲精舍（宋理宗时赐“考亭书院”题额）。

庆元元年(1195)秋，宁宗听信反儒道的朝臣谗言，将儒道视为伪学，视赵汝愚等四十多位贤臣为伪党，对他们进行残酷迫害。第二年夏天，国子监上奏请求销毁理学之书。

时任太常少卿的胡紘，十几年前到武夷山拜师朱子为师，因朱子清贫守正，得罪此小人。此时却以捕风捉影、移花接木、颠倒黑白的手法，全盘否定程朱理学。兵部侍郎陈贾和监察御史沈继祖则联合上疏，列理学人物十大罪状。宁宗不分是非，于庆元二年（1196）十二月二十六日，下旨罢免朱子祠职。

“伪学”打击一波波袭来，庆元三年（1197）正月，朱子弟子蔡元定遭受伪学之殃，被贬到道州。宁宗将伪学之党上升为逆党，将朱子列为党魁。宁宗还下诏，凡举荐改任的官员、科试士子，都须声明非伪学之人才能任用、参加科举。同时，设伪学逆党之籍，规定入籍之人永不叙用。

在这期间，朱子应门人之邀，前往延平、顺昌、泰宁、古田、福州等地，继续传播理学，并留下许多诗篇。古田讲学船行闽江途中，作《水口行舟二首》，其一曰：“昨夜扁舟雨一蓑，满江风浪夜如何？今朝试卷孤篷看，依旧青山绿树多。”朱子将两岸青山绿树比喻儒道理学，相信理学正气一定会战胜反道学的黑暗势力，像所乘舟船一样破浪前进。

朱子回到考亭之后，身患重病，但仍以惊人的毅力完成了《周易参同契》考异和《楚辞后语》六卷、《楚辞辩证》二卷及《楚辞集注》，修订了《韩文考异》十卷，编订了《礼书》，考订了《尧典》《舜典》《大禹谟》。

四、终老考亭

庆元六年（1200）二月，朱子自题“苍颜已是十年前，把镜回看一怅然。履薄临深谅无几，且将余日付残编” 。朱子的生命进入了倒计时，但生命不息、“残编”不止。三月，朱子病情加重，从初二至初九，朱子为弟子讲太极图义、《西铭》，修改《书经集传稿》。朱子注释“四书”数十年，至此生命最后三天仍修改《大学诚意章》。三月八日，朱子交代了家事，写了数封遗书，留下遗训：“道理只是恁地，但大家倡率做些艰苦工夫，须牢固着脚力，方有进步处。”三月九日午时初刻，朱子阖逝，享年七十一岁。

惊悉朱子逝世，许多人在家中设位哭祭。十一月初，各地学者、门人不顾朝廷禁令，在江西信州汇集，前往送殡。十一月二十日，朱子的灵柩在近千名士人的护送下，安葬在建阳唐石里（今建阳区黄坑镇）九峰山下大林谷。辛弃疾祭文赞曰：“所不朽者，垂万世名。孰谓公死，凛凛犹生！”

朱子一生秉承“为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平”的理想，尊德性而道问学，留下名扬世界的文化遗产：2000多万字的文章，其中104卷文集，200多卷撰书，140卷言论问答，以及编次、注释、校刊书270多卷和1200多首诗词，还创建、修建了十余所书院，成为今天中华历史文化的重要组成部分。