淳熙十五年（1188）六月，在江南西路提点刑狱公事补缺中，朱熹向延和殿奏书，极力主张“人主须存天理、去人欲之旨”。当时太上皇宋高宗驾崩半年，孝宗皇帝虽说算是南宋最想有所作为的皇帝，但在位27年就太上皇多方掣肘25年，此时早锐气全无，猜忌心重，“躬揽权纲”“勤于论相”，朝内佞臣势力抬头。朱熹的这些论说，为孝宗皇帝厌烦。不过朝廷还是先后封了兵部郎官、依旧江南西路提刑的职位，都被朱熹推辞。朱熹继续上书，十一月又写了一万多字的进言，认为“以辅翼太子、选任大臣、振举纲维、变化风俗、爱民养民、修明军政六事为当今之急务”，此时孝宗正打算禅位给自己儿子，他来了兴趣，已经就寝还起床秉烛阅奏，将万言书一气读完。第二天，就赐朱熹主管溪太乙宫兼任崇政殿说书。朱熹也没领命，推辞了临安（杭州）地位最高的行在内祠，一并推辞为皇帝讲说书史解释经义并备顾问的特殊优待。

朱熹更是一个教书先生，教书四十载，除了岳麓书院、白鹿洞书院、武夷精舍、考亭书院等著名书院与他相关，每到一地为官，无论时间长短，都兴办书院，亲自主讲。他最重要的、最著名的学生，当然就是南宋的皇帝宋宁宗，虽然他当了40天皇帝老师。

绍熙五年（1194）七月宋宁宗被赶着鸭子上架，取代患精神病的光宗继位。丞相赵汝愚比较推崇儒学，他将儒宗朱熹推荐给皇帝，授予朱熹焕章阁待制兼侍读。64岁的朱熹入朝任经筳侍讲，也就是当上了帝王师。皇太后亲属韩侂胄以立宁有功自居，朱熹又上疏斥责他的擅权，还要辞职，可是宁宗不批准。当时朝堂中以宰相赵汝愚为政治领袖，以朱熹为精神领袖，出显一点治世气象，人称“小元祐。”

作为皇帝的老师和顾问，朱熹很尽职尽责，讲经之余，常对宁宗耳提面命。十月十四日那天，朱熹进讲《大学》，讲毕并面奏皇帝，规劝皇帝不要铺张浪费修葺旧宫，防止大臣擅权。朱熹这反复对宁宗咬耳根，惹毛了手揽大权的韩侂胄，进谗宁宗，诬蔑朱熹，引起宁宗对道学的厌恶感。宋宁宗也不喜欢朱熹干预时政，老在身边谆谆教诲他这也不能做、那也不能干，就以不忍朱熹年老隆冬立讲为词，立即御批，改差宫观。

朱熹立朝仅46天，就被罢官出朝了。庆元党禁因为朱熹罢官而揭幕。庆元元年（1195），御史中丞何澹上疏请禁道学，宁宗将奏疏张榜朝堂，这次清洗将赵汝愚、朱熹门下所有知名人士几乎一网打尽，赵汝愚被远贬重谪至湘南永州，暴卒于途中衡州（今衡阳），朱熹被列举了六大罪状，落职罢祠。庆元三年，伪学之禁不断升级，列出了五十九名伪学名单，酿成了宋朝党争史上最黑暗惨烈的一幕。

朱熹任祠官达23年，待职、无职或罢职16年。宋代设“祠禄官”，敬老优贤，为罢官退职大臣以及编余官员而设的闲官，分为提举、提点、主管、监四级，只挂名而不到职，薪水微薄。北宋在五岳都设祠，到朱熹时候，其他四岳都被金国毁坏，只剩下南岳衡山。他多次奉祠，监南岳衡山，主管武夷冲佑观、西京嵩山崇福宫等，提举南京鸿庆宫等。

朱熹的从政履历表里反复出现“上状辞召命”，多达几十余次。我就想看快镜头一样翻看着这些重复的字眼，我都心生不耐烦，这个朱熹真是不待见、牛逼哄哄，可以随时随地交辞呈，他的辞职理由很简单，就是厌倦仕途，只想在林泉中读书著述、开坛授徒。而当时南宋偏安皇帝，偏就是不让朱熹安宁，不让他消停，时刻用官帽来叨扰、诱惑。