由于朱子理学在维护社会稳定，巩固和加强封建君主集权制服务，维护封建社会的长治久安方面，有其不可替代的重要作用，从而得到晚宋以后历代统治者的特别青睐。

宋宁宗嘉定二年（1209年），朱熹逝世九年后，将朱熹学说诬为“伪学”，将朱熹学派诬为“逆党”的“庆元党禁”冤案开始逐渐平反。这年十二月赐朱熹谥曰“文”，称朱文公。(《宋史?宁宗纪》)嘉定五年（1212年）十二月，朱子门人，时任国子司业的建阳人氏刘爚的请求得到恩准，诏谕朱熹的《四书集注》立于学宫，作为法定的教科书。（《宋史?刘爚传》）宋理宗时期，朱子的学说进一步得到褒扬。宝庆三年（1227年）正月，赠太师，追封信国公。宋理宗称赞朱熹的《四书集注》“发挥圣贤蕴奥，有补治道”。绍定三年（1230年）九月，改封为徽国公。淳祐元年（1241年）正月，下诏从祀孔庙。朱熹取得与周、张、二程并列的五大道统圣人的地位。诏书称：“朕惟孔子之道，自孟轲后不得其传，至我朝周敦颐、张载、程颢、程颐，真见实践，深探圣域，千载绝学，始有指归。中兴以来，又得朱熹精思明辨，表里混（浑）融，传《大学》、《论》、《孟》、《中庸》之书，本末洞彻，孔子之道，益以大明于世。朕每观五臣论著，启沃良多，今视学有日，其令学官列诸从祀，以示崇奖之意。”（《宋史?理宗纪》）同时，又御书朱熹《白鹿洞书院揭示》，颁布天下学宫。

由于统治者和朱子后学对朱子学的表彰和宣扬，朱熹历史地位确立，朱子理学上升为封建社会后期的官方哲学和主流意识形态，成为官方治国的指导思想。对中国社会政治、文化、教育、民俗等诸多方面都产生了巨大影响。对中华民族精神家园的建构，对民族传统思维方式的完善也有潜移默化的作用。正是在这个层面上，我们说，不能将闽学——朱子学视为是一种地域性的学说，而仅从闽北文化、福建文化这一层面来认识，而应该从这是一种带有普遍意义的，在中国封建社会后期占主导地位的国家政治哲学这个角度来评价和认识。也正是在这个层面上，国学大师钱穆认为，“在中国历史上,前古有孔子,近古有朱子。此两人，皆在中国学术思想史及中国文化史上发出莫大声光，留下莫大影响。旷观全史，恐无第三人堪与伦比。”